Un an après avoir découvert l'Atlantide, Le renforcement inexpliqué du champ magnétique terrestre commence à avoir des effets négatifs sur la Terre. Les Assassins reçoivent un signal émis depuis la Nouvelle Angleterre, où Layla Hassan, Shaun Hastings et Rebecca Crane découvrent la tombe d'un guerrier viking. Layla, craignant encore l'influence du Bâton d'Hermès et encore sous le choc de la mort de Victoria Bibeau, accepte d'explorer la mémoire du viking par l'Animus.

Eivor Varinson/Varinsdottir est un guerrier norvégien du ixe siècle du Clan du Grand Corbeau, qui a vu enfant le sac de son village par Kjotve le Cruel, qui a tué ses parents. Il doit la vie à Sigurd, le fils du roi Styrbjorn, mais dans sa fuite, Eivor est mordu par un loup, ce qui lui vaut le surnom d'Ami-des-Loups. Dix-sept ans plus tard, Eivor a été adopté par Styrbjorn, et retrouve la trace de Kjotve. Dans son campement, il retrouve la hache de Varin, et en s'en emparant, il a une première vision du dieu Odin. Valka, l'oracle du clan, lui donne d'autres visions dans lesquelles Eivor voit Sigurd perdre un bras avant d'être dévoré par un loup géant ; elle en déduit qu'Eivor est destiné à trahir Sigurd, ce que le guerrier considère comme absurde.

Styrbjorn déconseille Eivor de continuer à poursuivre Kjotve, car il risque la guerre ouverte. Sigurd revient alors d'une campagne de pillage, accompagné de Basim et Hytham, membres de Ceux-qu'on-ne-voit-pas, et offre une de leurs armes, la lame cachée, à Eivor. Eivor et Sigurd décident d'attaquer le repère de Kjotve avec les deux étrangers, avec la bénédiction du roi Harald. Basim et Hytham ont un intérêt à tuer Kjotve et laissent Eivor porter le coup fatal lors de l'assaut. Après la victoire, Harald annonce qu'il veut unir la Norvège, et Styrbjorn lui jure fidélité. Comprenant qu'il n'héritera pas du royaume de son père, Sigurd décide de quitter la Norvège pour rejoindre l'Angleterre avec ceux qui lui seront loyaux ; Eivor, Basim et Hytham le suivent jusqu'à un campement viking abandonné en Mercie, qu'ils nomment Ravensthorpe. Afin d'asseoir leur position, Sigurd charge Eivor de créer des alliances avec les clans vikings déjà installés et les royaumes saxons voisins. Le guerrier rencontre Ivar, Halfdan et Ubba Ragnarsson, Guthrum Jarl, et Ceolwulf de Mercie, tout en recherchant pour Hytham les membres de l'Ordre des Anciens implantés en Angleterre entre Lunden, Jorvik et Winchester.

Eivor a encore des visions d'Odin. Valka, qui les a rejoints, met au point un élixir qui lui permet d'avoir des visions d'Asgard dans lesquelles le guerrier incarne Odin alors que les premiers signes du Ragnarök se manifestent et qu'il cherche à échapper à son sort funeste. Eivor voit Odin apprendre que Loki a bravé son interdit et conçu un enfant, le loup Fenrir. Il trouve au Jotunheim le moyen de créer un breuvage magique qui permettra à son âme et celles d'autres Aesir (Thor, Tyr, Freyja...) de survivre au Ragnarök en se protégeant dans l'arbre Yggdrasil. Layla comprend que ces visions sont en fait des événements ayant eu lieu lors de la Grande catastrophe qui a décimé les Isus, et que Loki, à qui Thor avait interdit l'accès à Yggdrasil, a également sauvé son esprit dans l'arbre et survécu au Ragnarök.

Sigurd et Basim mettent la main sur une relique Isu, la Pierre de Saga, et Sigurd commence à se prendre pour une réincarnation divine. Il se laisse capturer par Fulke, une servante du roi Aelfred et membre de l'Ordre, qui croit également en la nature divine du guerrier. Quand Eivor le retrouve après avoir tué Fulke, il a été torturé durant des semaines et son bras droit amputé, mais son esprit est ailleurs. Eivor et Sigurd retournent ensemble en Norvège où les visions de Sigurd les mènent vers un temple Isu avec un ordinateur géant en forme d'arbre. En s'y connectant, ils se retrouvent dans le Valhalla, qu'Eivor voit comme un rêve éveillé et préfère quitter l'illusion paradisiaque. A leur réveil, Basim les attend et s'en prend à Eivor : les trois hommes sont les réincarnations de trois Isus, Basim est celle de Loki et croyait que Sigurd était celle d'Odin mais il est celle de Tyr, c'est Eivor qui est la réincarnation d'Odin. Basim veut venger la torture subie par Fenrir mais il finit piégé dans l'ordinateur.

De retour à Ravensthorpe, Sigurd abdique en faveur de Eivor (il retourne en Norvège ou reste en Angleterre selon les choix du joueur). Eivor est donc le jarl de son village quand il lance l'assaut sur le Wessex avec ses alliés contre les forces du roi Aelfred lors de la bataille de Chippenham, que les vikings emportent. Eivor retrouve plus tard Aelfred exilé dans le village d'Athelney, où ce dernier révèle être le "Pauvre Simple Soldat du Christ" qui a aidé Eivor à vaincre les membres de l'Ordre dont il était le Grand Maître : profondément croyant, Aelfred avait en horreur la philosophie païenne de l'Ordre et quand il a hérité de la charge de Grand Maître, il a attendu de pouvoir le détruire de l'intérieur afin de permettre l'avènement d'un nouvel Ordre catholique. Eivor épargne Aelfred et rentre dans la colonie en héros.

Dans le présent, les Assassins comprennent que le renforcement du champ magnétique terrestre est la suite de l'activation des tours Isu par Desmond Miles en 2012. Pour le stabiliser, elle se rend au temple de Norvège et entre à son tour dans la simulation du Valhalla où elle retrouve Basim. C'est lui qui a envoyé le signal qui a mené Layla vers la tombe d'Eivor et a trouvé le moyen de stabiliser le champ magnétique. Layla accepte mais se retrouve piégée dans la simulation, avec un être appelé le Lecteur, qui étudie les différentes évolutions qui permettront de sauver le monde. Ce faisant, Basim est libéré et s'empare du Bâton d'Hermès – ce qui lui permet de retrouver son amour, Aletheia. Basim demande à Shaun et Rebecca de rencontrer William Miles, avant de rentrer dans l'Animus et chercher ses enfants.

La Colère des druides En 879, Eivor reçoit une lettre de son cousin Bárid mac Ímair, devenu roi de Dublin, qui souhaite s'allier au roi Flann Sinna, sur le point d'être sacré Haot-roi d'Irlande. Peu après son arrivée en Irlande, Eivor déjoue une tentative d'assassinant de Flann par les Enfants de Danu, une secte druidique qui veut empêcher la christianisation du pays. Avec l'aide de Ciara, poétesse au service de Flann autrefois associée aux rebelles, Eivor va les traquer tout en participant aux combats visant à prendre le contrôle de l'Ulster, dernière région non soumise à Flann, afin d'assurer une bonne place à Barid dans le premier cercle du Haut-roi, et la prospérité de Dublin qui s'étend par le commerce extérieur.

Eivor finit par démasquer le chef des Enfants de Danu : Eogan mac Cartaigh, l'abbé d'Armagh, mais faux chrétien qui utilisait la secte pour chasser les Nordiques et les chrétiens des terres irlandaises. En défendant les places fortes conquises par Flann, Barid est tué et Eivor s'assure que le fils de Barid, Sichfrith, prenne le trône de Dublin sous la tutelle de Flann. Mais en apprenant la duplicité d'Eogan, les autres rois d'Irlande exigent qu'une inquisition contre les druides soit lancée et Flann accepte, à contrecœur. Ciara menace alors d'activer les pierres de Lia Fáil et d'éradiquer quiconque voudra abattre sa culture. Le joueur peut alors choisir de tuer ou non Ciara, mais dans les deux cas, Lia Fáil est détruite. Eivor quitte l'Irlande peu après, laissant Sichfrith et Flann construire une Irlande en paix et réaliser le rêve de Bárid, une Dublin prospère.

Le Siège de Paris En 885, Eivor reçoit la visite de Toka Sinricsdottir, une guerrière Viking arrivant de Francie qui planifie un raid sur Paris. L'empereur franc Charles le Gros a ravagé le pays par une guerre qui menace de s'étendre en Angleterre et elle demande l'aide d'Eivor pour l'arrêter. Le guerrier accepte et suit Toka à Melun pour rencontrer Sigfred, le jarl et oncle de Toka, qui veut venger son frère Sinric. Eivor veut avant tout protéger Ravensthorpe et tenter une approche diplomatique auprès de Charles avant un conflit armé.

Il découvre qu'une secte religieuse, les Bellatores Dei, agit dans l'ombre pour nourrir le conflit. Eivor atteint Paris et trouve Charles, qui ne semble intéressé que par sa femme Richardis, disparue depuis peu. Eivor la retrouve à Évreux, où les Bellatores Dei voulaient l'exorciser et ils se réfugient à Lisieux, où Richardis explique qu'elle veut avant protéger Bernard, le fils illégitime de Charles et seul héritier mâle, de l'influence de son père. Eivor est après trahi par Charles, qui ne veut que Bernard, et tente une dernière négociation avec le comte Eudes (de l'argent et des terres contre un cessez-le-feu) qui échoue. Eivor rejoint le sud de Paris pour le siège de la ville, devenu inévitable.

Pendant l'assaut, Eivor traque les derniers Bellatores Dei mais voit aussi que Sigfred est consumé par une soif de sang. La ville st sur le point de tomber quand Charles le Gros arrive avec des forces armées et de l'agent. Sigfred accepte la trêve et devient le protecteur de la Normandie. Eivor voit enfin une chance d'arrêter le massacre et d'épargner l'Angleterre. Mais quelque temps après, Richardis et Bernard disparaissent. Le comte Eudes envoie Eivor à Amiens, où Charles, devenu fou, veut soumettre Richardis au bûcher pour adultère et sorcellerie. L'arrivée d'Eivor et le début de la pluie sauvent Richardis, et le sort de Charles dépend du joueur. Dans tous les cas, Eudes prend la suite de Charles.

Eivor quitte la Francie en voyant que les yeux des Francs ne sont plus tournés vers l'Angleterre et que Toka, devenue jarlskona après que Sigfred a choisi de se retirer, se dirige vers la paix.